いいえ、反撃により破壊した場合でも、貫通によるダメージを与えることはできません。

貫通とは、あくまで攻撃により、相手のセンターのモンスターを破壊した時に発動するキーワード能力です。
攻撃以外の方法でモンスターを破壊しても、ダメージを与えることはできません。

はい。発動します。『反撃』は、『ソウルガード』の効果などで場に残った場合も、発動します。

いいえ、できません。『反撃』をする側のプレイヤーが選んだ１体のモンスターに『反撃』します。『反撃』を複数持っていても、１体にのみ『反撃』します。